1月28日，院获锦州市保密工作先进单位称号，李树忠获先进工作者称号。

　　1月30日，工程勘察处，惠发和商场获省局1998年度先进集体称号；秦志明、冯振伟、宋惠民获先进生产(工作)者称号。

　　2月4日，盘锦地基工程公司由原集体所有制企业改制成股份制企业。

　　2月9日－10日，1999年经济工作暨六届四次职代会在锦州召开，秦志明在会上作了题为“坚定信心、振奋精神、加快发展，夺取我院两个文明建设的新胜利”的院长工作报告，张洪斌、宋久山、李建秀分别作了1998年财务决算、承包经营指标考核与计划安排，业务招待费使用情况报告。

　　2月24日，省局以地辽勘发〔1999〕21号文件，授予许永明、赵世彬、张智合为1998年度安全生产先进个人称号。

　　3月1日，省局以地辽勘党发（1999)4号文任命秦志明为党委书记，王延令改任党委常务副书记，以地辽勘发（1999)26号文任命许和奇为副院长。

　　同日，党委任命庞映辉为团委书记(兼)。

　　3月9日，院长决定，撤销财务科、经营科、技术科、综合档案科，组建计财科、企业管理科、监察审计科；设备科与物资经销处合并组建为资产租赁公司。

　　3月12日，院长决定，在凌源钢铁公司设立办事处，金华任主任。

　　3月29日，调整QC成果及现代化管理成果评审小组，组长于振学；调整全面质量管理委员会，主任委员于振学；调整计量委员会，主任盛海峰；调整标准化委员会，主任于振学；调整地质勘察质量管理工作领导小组，组长于振学。

　　4月23日，以地辽勘委字〔1999〕8号文件，调整国家安全小组，由秦志明、王延令、韩俊千、李建秀、阎功凌、李树忠、庞映辉共7人组成，秦志明兼任组长。

　　5月24日，以地辽勘院字〔1999〕17号文件，成立改制工作办公室。由秦志明、王延令、王玉功、李树忠、李建秀、韩俊千、张宏斌、宋久山、庞映辉共9人组成，秦志明兼任主任。

　　8月25日，以地辽勘院字〔1999〕26号文件，成立企业整顿工作领导小组。由秦志明、王延令、李建秀、李树忠、张宏斌、金怀平、韩俊千、王兆燕、庞映辉共9人组成，秦志明兼任组长。

　　11月25日，以地辽勘院字〔1999〕30号文件，启用“辽宁工程勘察院”院徽。